醫(yī)院始建于1972年,前身為阜陽(yáng)行署傳染病醫(yī)院。自上世紀(jì)80年代起,堅(jiān)持走“大專(zhuān)科、小綜合”的辦院之路, 1997年,在全國(guó)專(zhuān)科醫(yī)院中,首家按照綜合醫(yī)院標(biāo)準(zhǔn),誦過(guò)二級(jí)甲等醫(yī)院評(píng)審,成為以“大專(zhuān)科、小綜合“為特色的二級(jí)甲等綜合性醫(yī)院。本世紀(jì)初,發(fā)展為傳染病“強(qiáng)專(zhuān)科”和 其它多學(xué)科“大綜合”為特色的綜合性醫(yī)院。

        2011年3月, 晉升為安徽省首家、也是目前唯一一家三級(jí)甲等傳染病專(zhuān)科醫(yī)院。同時(shí),也昰安徽醫(yī)科大學(xué)阜陽(yáng)臨床學(xué)院,蚌埠醫(yī)學(xué)院教學(xué)醫(yī)院,多項(xiàng)診療技術(shù)居阜陽(yáng)市領(lǐng)先水平,是皖西北地區(qū)醫(yī)療、預(yù)防、教學(xué)、研究中心之一，醫(yī)療服務(wù)范圍輻射周邊省、市地區(qū)。年門(mén)急診總量達(dá)40余萬(wàn)人次，住院病人達(dá)5余萬(wàn)人次。